例二：随意建立关联关系
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《黄帝内经·阴阳应像大论篇第五》说：“东方生风，风生木，木生酸，酸生肝，肝生筋，筋生心。肝主目。其在天为玄，在人为道，在地为化。化生五味，道生智，玄生神。神在天为风，在地为木，在体为筋，在色为苍，在音为角，在声为呼，在变动为握，在窍为目，在味为酸，在志为怒”。
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很显然，如果《黄帝内经》的作者把医学当科学，就不应该把“肝”与“风”、“木”、“酸”、“筋”、“目”、“天”、“地”、“道”、“五味”、“苍”、“色”之类毫不相干的概念建立起关联来。
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例三：前提蕴含不确定的预设
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中药入药，预设了相当多不明确的前提。元朝李杲（东垣老人）著《珍珠囊补遗药性赋》（卷四）有使用人粪入药的例子。他写道：“热病乃阳毒发狂，当求人粪汁。”“人粪，一名‘人中黄’，性寒，无毒，专治天下行大热。”“治热病发狂，绞粪汁饮之。”历代草本著作都没有举出用人粪治疗“热病发狂”取得成功的例子，估计著录这项药用方法的药物学著作的作者，也没有亲自尝过人粪，并以此验证人粪究竟是有毒，还是无毒。至于人粪“性寒”，因为描述不清楚，用实验方法去证明它，也是不可能的。可见，中医中药理论是在包含了许多不确定的预设情况下进行理论建设的。
例四：推理不具有一致性和公理性
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中国古代文化中，缺乏一致性和公理性推理的语句俯拾即是。比如说，“道生一，一生二，二生三，三生万物”这个推理，其实验基础是不可能有的，其逻辑基础也是虚幻的。根据欧布里得的意见，要使“道生一”可以成立，就必须满足“道”当中明确地存在“一”。如果“道”里边根本就没有“一”或“一”的种子，“道生一”就是一个典型的“欧布里得怪论”。如果“道”里边既有“一”还有别的什么，那么“道生一”就是一个或然性推理，不是必然性推理。不能达到必然性推理要求的推理，没有满足推理的公理性原则，这样的推理是无效的。此外，从“道生一”，再推“一生二”，必须采用相同的推理形式，否则就叫做违背推理的一致性原则。如果我们把“一”和“二”理解为一些普通数字，则“道”和“一”也应该是一些普通数字，否则推理就不一致了。毫无疑问，中国古代文化中几乎所有关于“生”、“克”关系的推理，既没有满足公理性要求，也没有满足一致性要求。这种不遵守推理的基本原则的思维习惯，也严重影响了中医中药理论的构建。