60年代到80年代国家在卫生防疫领域的成就足以证明这一方针的行之有效。袁钟说，但危机也隐藏其中。中国成为现代医疗体制国家里唯一一个两种传统迥异的医学“同唱主角，争唱主角”的国家。
那些60年代到城里医学院经过培训的赤脚医生实际上已经在实践中不完全采用中医手段，而是中西结合的治疗方法，他们在成为农村防疫体制一部分的过程中，也传播了西医知识;“中医为体，西医为用”造成的“体用分离”，使西医实用性的一面深入人心，同时现代医学制度得以根本性成立，在这一制度下形成的卫生管理体系，必然以西医为主导，这造成了“少数人领导多数人”，这一状况尽管很快得以扭转，西医成了医疗队伍的主体，但被边缘化的中医和主流化的西医分歧，或者说，中医和现代医疗制度的矛盾不仅没有消失反而随之加深，也给难了的“中西医之争”不断埋下伏笔。
中医药现代化悖论
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二者最尖锐的一个冲突可能始终围绕着医药行业扩大化生产下“药品安全”这个最重要的主题。
以用药安全为目的的“医药管理分家”是现代医疗制度的核心之一，药物是由药物研究机构控制监制。医药分家后，中医不能独自配制中药制剂，要配制剂必须申请，将组方上报药监局审批。方明东说，而中医自古传承至今的配药制剂行为，是医药不分家的。中医将有效的药方配制出一种有针对性的普遍可用的通方药剂，以方便同类患者，因此，中医自古以来都是以医管药，即“用药如用兵”，药物的用法完全是由医生控制监制的。一名合格的中医师，必然会临床亲自制药，必然能辨别药的好坏优劣，甚至能亲自采药制药，许多成方名药都是中医师临床实践的总结。“很多老中医抱怨，限制中医独立制剂，束缚了他们的手脚。”
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另外一些中医认为，现代中医教育已完全复制西医模板，完全破坏了古老的中医师徒传承方式。著名的老中医吉良晨就是这个观点的代表者。他说，他自己学成前拜了4个老师。师带徒也要按部就班地进行，分为佐诊、半放手、放手三个阶段，老师要循循善诱，师徒间要互相“问难”，师傅问学生、学生问老师，从而教学相长。刚开始学生只是在旁边看，是见习阶段，“佐诊”;然后开始帮师傅抄方，这时已有一定临床经验，能掌握常用中药的药性、用法;在经过这个极为严苛的阶段之后，老师可以根据情况放手让学生单独诊病，“而现代教育是工业化的批量生产，根本没法产生真正称职的中医”。
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教育方式争论背后的真正挡板同样是“医药安全”。现代教育体系是和《执业医师法》相联系的——为了保证行医资格，必须有4年以上医学院校学历者，才能参加执业医师资格考试。考试内容近2/5是西医知识。而民间大量的中医无此学历，不懂西医，不懂外语，虽然医术高明，也拿不到行医资格，行医即属非法，中医的医疗事故也要由西医来鉴定。相应的规定包括抬高中医师开设门诊部的资格，全国已停止批准新设置个人门诊部，旧有门诊必须大于300平方米，这对民间中医的注册资本要求不低。方明东说:“一些中医认为，本身被西医压迫的生存空间已经很小。中医想发展，但已经完全无法从西医主导的市场分享收益。”
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更彻底推进中医现代化也许有助于解决，这些既是现实矛盾又是历史遗留问题的“中西医之争”。至少决策者在提出“中医现代化”的时候是为了给困境中的中医寻找出路。日本的“汉方”和韩国的“韩药”是一个参照系，这二者用打入国际市场的药材获得了巨大的收益，“很多人，包括中医界内部的人，都认同巨大的国际市场可能会解决中医药的内需不足，为中医赢得市场和资金。”方明东说。
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变化其实从14年前就开始了。1992年，科技部中国科学信息研究所教授徐绍颖归国后，向科技部申请了“促进中药出口创汇的战略与政策研究”的课题，这个课题拉开了中药现代化的一个序幕。4年后，在原国家科委社会发展司司长甘师俊、国家中医药管理局副局长李振吉等人的领导下，进行了中药现代化发展战略研究。随后，中国新药研究与开发协调领导小组提出中药现代化科技产业行动计划，得到了国家批准。